色彩装饰是普陀山普济禅寺建筑装饰中的“重头戏”。普陀山普济禅寺为木构架建筑，因此，其本身受到木材颜色的制约，主要表现为深褐色，在色彩的分类中属于深色系，在视觉上也显得较为暗淡。因此，通过对其佛教建筑本身用鲜艳的颜色加以装饰。另外，色彩是体现佛教建筑结构和佛教建筑地位必须而得的自然结果，且具有重要的意义。

    普陀山普济禅寺中轴线上主要建筑的屋面材料有琉璃瓦和青瓦两种。故此，其屋面的颜色也主要表现为青灰色和黄色两种。黄色的琉璃瓦多为帝皇宫殿或者佛教建筑中的主要殿宇。另外还有黑色、紫色、蓝色、红色等，主要为陪衬之用。普陀山普济禅寺的圆通宝殿屋面用黄色琉璃瓦铺砌而成。佛教真言宗22认为:“一切有情，非情都具有六种子，即识、地、水、火、风、空，其中地大真言字为阿，表现为方形，显色为黄色。”可见，在佛教中倡导将黄色为神圣的象征。故此，普陀山普济禅寺的圆通宝殿的屋面上铺设黄色的琉璃瓦，以彰显其作为普济禅寺主殿的气质，造就出一番佛国仙境的海市唇楼情境。与圆通宝殿金光灿烂的大屋顶相比，天王殿青灰色的屋面显示出一番低调与古朴的气象，与天王殿的佛教建筑地位相称。总之，普陀山普济禅寺的圆通宝殿和天王殿都是中轴线上的佛教建筑，建筑型制较为相似，但是圆通宝殿是普陀山普济禅寺的主殿，而天王殿则是供奉四大天王和韦陀之用，中轴线上的主要建筑之一。为凸显圆通宝殿的佛教建筑地位，通过屋面不同色彩的装饰，区分了两者不同的佛教建筑地位。除了普陀山普济禅寺在重要的佛教建筑的屋面上用到了黄色以外，普陀山普济禅寺的墙面也用到了黄色，黄色成了普陀山普济禅寺乃至佛教建筑标识性的颜色。总之，普陀山普济禅寺的黄色与海洋的蓝色相互碰撞，相互融合，在视觉上创就了一片清幽苍翠的绿色，“不敢高声语，恐惊天上人，让人越发觉得普陀山普济禅寺这一观音主要道场的幽深、肃穆。