在对占用耕地建坟的行政处理方式进行详细探讨之前，有必要简要梳理一下违法建坟所涉及的法理问题。从法理上来看，违法营建坟墓以及行政机关对该行为的处理涉及到多个层面的法理问题。首先，坟墓营建涉及对死者遗体的处理，涉及基本的民事权益。虽然目前遗体在法律上为何种地位仍然存在争议，但毫无疑问的是，遗体涉及死者的人格尊严，同时也与死者近亲属的人格利益以及社会公序良俗密切相关。自然人去世之后，在符合公序良俗和死者意愿的前提下，其近亲属应该可以选择以何种方式处理遗体。由于对遗体的处理涉及“人土为安”的传统社会习俗，国家在推行殡葬制度改革时，应当充分考虑社会传统风俗。同时，由于遗体的处理涉及公民的基本民事权益，按照《立法法》第8条、第9条的规定，原则上殡葬制度应由法律进行规制;在未获授权的情况下，由国务院颁布《殡葬管理条例》推行殡葬改革，其正当性仍然存疑。

    第二，坟墓营建涉及土地用途管制、耕地保护以及城乡规划。在中国，土地用途管制的重要目的是保护耕地，后者是中国土地管理制度设计的出发点和落脚点[7]，这就决定了土地权利人占用耕地进行建设的活动为法律所严格限制乃至禁止。同时，城乡规划将特定区域的土地划分为不同的功能区，其意图是为规划区内的居民营造协调的土地空间功能布局，因而占用耕地建坟造成了农业生产用地和公益事业用地的重叠，违反了城乡规划。第三，法不溯及既往原则是基本的法治原则。由于法律具有指引功能，人们只能根据行为时既存的法律作出行为选择，而无法依据未来的法律调整当下的行为。因此，法律、法规和规章除有明文规定者外，不论该法律、法规和规章是否有利于相对人，都只能对其施行后的行为发生法律约束力，对其施行前的行为不具有任何法律约束力。中国《立法法》第84条明确规定该原则。因此，对于相关法律法规颁布之前就已经存在于耕地之上的历史遗留坟墓和之后新建、扩建的坟墓应予以区别对待。正是由于对违法建坟的处理涉及上述重要的法理问题，关涉行政相对人的人格利益以及传统社会风俗，因此行政机关在处理违法建坟行为时，一定要遵循依法行政原则，否则很易侵犯行政相对人的合法权益，诱发社会矛盾。下文将结合实定法的规定对违法建坟的行政处理方式进行详细分析。