宗教团体通过设立认证并在住所地的法务局登记后，即获得法人资格，相应的名称也改为宗教法人，以区别于尚未取得法人资格的宗教团体。因此，前文所述设立认证只针对宗教团体，而变更认证和解散认证则只针对宗教法人。从法律实务角度来看，宗教法人的变更包括宗教法人章程的变更以及宗教法人的合并与分立，而章程变更又具体包括组织结构、宗旨目的、活动范围、法定代表人、主要财产、名称、住所、隶属关系等方面的变更。

    根据《宗教法人法》规定，变更宗教法人章程中的必要记载事项时，必须首先按照章程中有关变更条款履行内部变更程序，然后向主管部门申请认证。

    宗教法人申请变更认证时，应当提交下列材料:两份认证申请书、两份变更事项申请书、证明章程变更决定的达成符合原章程规定的程序的资料。但是也有例外情况，即宗教法人欲终止其作为被包括法人与其包括法人的包括关系而变更其章程时，如果该宗教法人的章程赋予包括法人就包括关系终止的章程变更事项享有一定权限时，不要求依照章程中该规定办理。该规定的立法目的在于确保被包括宗教法人以结社自由权，即作为下级法人的被包括法人并非绝对处于被领导地位，其作为被包括法人的地位是建立于自愿基础上的。当然，被包括法人也不是享有绝对的自由权，两个月必须将章程变更方案的宗旨向信徒和其他利害关系人公告，只有利害关系人在期限内未提出异议，该变更方可获得认证。在进行章程变更认证时，还有一个特殊情况，即因建立与其他宗教法人的包括关系而变更章程，需要满足两个条件，一是和终止包括关系一样进行公告，二是需征得该其他宗教法人的同意。主管机关受理章程变更认证申请后，其审查范围限于章程的变更是否符合法律规定，是否按照原章程所规定的条件与程序进行。

    关于宗教法人的合并，《宗教法人法》规定，两个以上的宗教法人可以合并为一个宗教法人。宗教法人欲合并时，应先由各宗教法人负责人会议按照章程规定或在章程无规定时以三分之二以上多数决方式通过合并决议，然后向利害关系人公告至少两个月，并向已知的债权人逐一催告，如果债权人在公告期限内对合并提出异议，欲合并的宗教法人必须偿还债务或提供担保，否则主管机关将不予认证。合并完成后，认证申请必须由要求合并的宗教法人联名提出。合并的各宗教法人管辖机关不同时，由合并后存续的宗教法人或合并后新设立的宗教法人的管辖机关管辖。主管部门审查的要点在于，合并是否按照章程或法律规定进行，是否妥善解决债权债务关系，新设合并中新成立的团体是否为宗教团体。