日本宗教法人认证制度有效地贯彻了宪法规定的宗教自由和政教分离原则，准则主义、以形式审查为主实质审查为辅的审查规则、宗教法人审议会制度以及行政复议、行政诉讼等救济制度极大地限制了主管部门自由裁量权，使得主管部门虽然在法理上可以做出不予认证的决定，但实践中这种决定概率很低，因此，《宗教法人法》实施之后，新型宗教法人的设立势头仍然有增无减。日本宗教法人认证制度与整个宗教法人制度一起，契合了战后自由民主潮流，同时在社会秩序保障方面也没有发生明显不适应的问题，因此，《宗教法人法》自施行之日，历经四十余年，内容基本未做较大修订。

    但由于近半个世纪的社会发展，社会形势较《宗教法人法》制订之时发生了较大的变化，宗教组织越来越倾向于世俗化，宗教活动与经济活动乃至政治活动的区分日渐模糊，在这种背景下，认证制度逐渐暴露出了一些问题。首先，由于成为法人后宗教团体便可以享有较欧美还要优厚的税收优惠待遇，事后监督又非常薄弱，许多获得认证的宗教法人的营利性冲动越来越明显。特别是在1960年代后期到1980年代蓬勃发展的所谓新兴宗教运动中，出现了许多称为“新·新宗教”“小小神明”的宗教团体，往往是一些以教主为中心的灵术团体，带有很强的封闭性和神秘色彩，它们虽然进行宗教活动，然而其吸收信徒的方法和资金的获得，许多都是通过“灵感商法”和“灵视商法”这些精神胁迫手段进行的。

    其次，还有很多本身并不从事宗教活动的营利性组织也伪装改造后得以认证、登记为宗教法人，它们很少或者根本就不从事宗教活动，因而成了所谓的“不活动宗教法人”或“休眠法人”—即一年以上没有从事实现其主要目的活动的宗教法人。这些法人并非真的“不活动”，实际上背地里却进行大量违法犯罪活动，其中有的打着宗教的旗号从事生产经营，有的倒卖转卖宗教法人的墓地经营资质和税收优惠资质，有的借宗教法人的外衣作掩护专门经营墓地，有的甚至雇佣留学生假扮成僧人的模样化缘敛财。这些休眠法人为数极多，使得强制其解散成了宗教法人审议会及各级主管部门的常规性工作。

    再次，还有一些宗教团体积极参与政治活动，有的甚至其本身就是一个政治性团体。如在1996年极力反对修订《宗教法人法》的新进党与宗教组织创价学会关系密切，而创立于1937年的创价学会本身可以说既是宗教团体也是政治组织。认证制度本身是一种过滤机制，其初衷本是使“真正”的宗教组织得到《宗教法人法》的保护，从而使非宗教组织得由其他专门法律规制，而宗教组织与政治组织界限的模糊则在一定意义上使这一目的落空。此外，宗教与政治的混淆还导致《宗教法人法》的修订成了党派利益争夺的战场，各方难以客观中立的立场进行冷静思考。