不过，这次修订的重心并不在于认证制度，主要是强化了事后监督和信息公开，从法条上来看，涉及认证制度的修订主要体现在主管部门的管辖上，修订后的第5条规定，在两个以上的都道府县境内有礼拜设施或者有被包括法人的宗教法人由分属当地主管部门管辖全部改归文部大臣管辖。当然，该规定的立法目的在于强化事后的监督，避免各地方分头监管的不力，并非意味着认证上的严格化。但是，从此后的认证实践来看，认证审查在事实上越来越严苛。

    首先，就审查事项上来说，1997年2月5日文化厅发布的《关于宗教法人认证的审查基准(留意事项)》增加了一些额外的认证要件。全国认证工作都必须符合该《审查基准》，各都道府县也必须在该框架内制定各自的审查基准。《审查基准》增加的事项之一就是关于信徒的规定，其数量至少要在50至100名左右，各地可以根据自身情况在该额度内确定具体人数，必要时还可以要求申请者提供信徒的具体住址，以便核查。

    另一个重要的事项就是过去三年活动实绩，前述《审查基准》中首次提出了截止到申请认证之日三年以来活动实绩的规定，并明确规定为宗教法人设立时进行章程认证的条件。证明三年活动实绩的证明材料包括三年来的会议记录、所进行宗教活动的记录和照片以及所有收支预算书和决算书。

    其次，主管部门还增加了综合性裁量因素一一宗教法人的永续性，要求主管部门在进行认证时还要考察该宗教团体是否具有宗教法人的永续性。宗教法人的永续性即该宗教团体成为宗教法人后有持续运转的能力，不至于成立不久就宣告解散。对宗教团体永续性的判断往往比较抽象、复杂，需要综合考察诸如该宗教团体的礼拜设施容易灭失，该宗教团体住持、教师没有后继者，该宗教团体的财产已经被抵押等有可能影响该法人永续性的因素，永续性判断无异于将后来解散的事由变成认证事由，使得主管部门享有了更多的自由裁量权，对于宗教团体而言，无疑增加了认证的难度。

    最后，就审查方式而言，文部省文化厅发给各都道府县知事的《关于宗教法人认证事务的通知》更加强调实质审查。《通知》要求各主管部门在进行认证时，对于申请者宗教团体的礼拜设施，可以到实地进行调查确认;对于宗教团体信徒及人数可以采取合适的方法确认。在该《通知》以前，主管部门一般是根据该团体关于礼拜设施、财产的申报证书材料以及附加照片来认证审查。