藏传佛教在历史上曾长期实行过政教合一，这不假;但从本质上来说，这是佛教在封闭的地理条件和特殊的历史背景下一种非常规的现象，只能算是偶然的“善巧方便”，不能执为常例。政教合一使宗教集团拥有了世俗政治权力，一方面虽可使宗教发展获一时之利;但同时政教权力把持者也极易对政治特权和既得利益产生执着和贪恋，从而导致宗教所要求的纯正精神受到严重侵蚀，而且实际上还不可避免要将宗教集团卷人到世俗纠葛与纷争的漩涡之中。

    这样一来，不仅宗教在世俗社会拥有的影响力将使世俗事务更加复杂化，而各种利益的牵扯也使上到政教上层、下到普通修行者难以对世俗事务再保持清净、超脱的心境。现今政教合一虽然早已废除，相当一部分人仍完全以传统佛教思想为依托，有意把自己作为独立于社会之外的一个“特殊”阶级，把宗教作为达到某种政治目的的工具，争取生活利益和社会地位的手段;要求社会按照佛教的意愿去改变，而不主动去适应社会，甚至个别地方存在着宗教干预行政、司法等，动辄以歧视民族、镇压宗教、剥夺信仰相诬，给分裂主义分子提供口实，提供策划闹事的基地。这实际就主动将自身置于世俗政权的对立面，于此不仅要迎来世俗政权的反弹，客观上也会给国家和社会带来相当优患，从而不但让佛教“造福苍生”、“广种福田”的根本宗义丧失殆尽，更是与之背道而驰，造成这样的后果对藏传佛教又有什么意义呢?藏传佛教存在的价值又何在?因此，教内必须深刻认识到政教合一残余思想的危害性，必须予以深刻反省和警醒，以让藏传佛教彻底与政治脱钩，否则藏传佛教今后必然会日益陷人步履维艰、山穷水尽、日薄西山的境地。