方先生批评法相唯识宗，认为法相唯识宗研究分析哲学、批判哲学，好像在许多地方研究得很透彻，事实上，因为它不肯放弃它自己本身所具有的那个分别意识的了别作用，所以，它们只是透过精细的分析研究时好像很透彻，但是在某些地方并没有分析研究到位。研究唯识的学者，视分别作用为至宝，然后透过分析作用、透过了别识，从四面八方把这个整体宇宙打散，打散了之后的整体宇宙就合不拢。片面地认识合不拢的宇宙、人生，就形成了片面观，而不是总体观。

    方先生认为，真正在哲学上面具有最高的智慧，不管是透过人类修养而得来的智慧—所谓“后得智”，还是人类本身所具有的伟大精神，都来自于每一个时期的大佛所得到的智慧—所谓的“根本智”。“根本智”的智慧，不是从片面的、分析的细微了解里面所聚集起来的智慧，而是从无分别智的领域里面所产生出来的智慧。

    方先生认为，在中国一千多年来，只有西藏传安慧系统的人，还知道这个道理的重要性，并且还把它翻译成藏文而加以流传。在大陆内地的中国人，因为安慧大师反对唯识论里面的分析学派，便不肯翻译他的著作，因而使这个很重要的著作无法在中国流传，这是非常可惜的一件事。所以，虽然今天仍然有人在法相唯识宗里面讲唯识，但是在讲出了毛病之后，就说要“转识成智”。可是因为他不肯放弃虚妄分析的观点，所以挂不上根本智慧或后得智慧。譬如唐代唯识宗的第一流大宗师窥基大师，他走的不是弥勒菩萨的路子，也不是无著菩萨的路子，而是世亲菩萨的路子。世亲菩萨的路子是不必转识成智的。只要到了第八识，就已经是清净识了。因为他把一切错误的责任，都加在第七末那识上面，认为如果第七识没有我执的话，就没有没有错误的根源，也就没有我慢、我爱、我痴、我贪。所以如果这时候要转识，从前五识转到第六识，第六识转到第七识。如果能够压制住第七识，使它不再犯错，而不生我慢、我爱、我痴、我贪，那么就没有了一切错误。然后再回到第八识，就已经回到清净识了，用不着再转识成智。不过在一般传统立场所讲的唯识，都认为阿赖耶识是一个复杂的组成体，在它里面是如来藏、减识，善因子包括在内，恶因子也包括在内。甚至于在中国各家各派在讲《大乘起信论》时，不仅仅要讲清净光明，而且要讲“子时无明”。“子时无明”就是深更夜半要转到第二天的那个开始时间，因为他认为在那个时候，就会有无明的种子涌生来，那么从第二天开始又要受无明的黑暗所感染。