焦站专门记录佛寺的文章，现在能见到的属《古佛记》为最早。《古佛记》不见于现存焦站著作中，是近年来徐到稳在《金陵梵刹志》中发现的一篇佚文。文中自述:“佛以嘉靖庚子二月八日现，恒以甲寅九月七日请，余以丁卯正月十日记。”可见文章写于1567年，是年焦站28岁，写作的因由却缘起于焦站15岁之时。
文章说到，瓦官寺历史悠久，地近凤凰台，人文自然景观兼备，文人骚客亦多有诗文。然世代更迭，瓦官寺荒废己久。嘉靖庚子年(1540年)石佛出世，时人以为是瓦官旧物，遂就地复建庵院。嘉靖甲寅年(1554年)，庵院的建设者觉恒和尚想请焦站作文以记之，焦站却认为，佛像与瓦官寺附近的砖石沙砾本质并无不同，执迷于佛像“色见声求是行邪道”，与佛法不合故拒绝作文。焦站当时才巧岁，对佛学己经表现出较为成熟的理解，引经据典不卑不亢，虽有卖弄学问之嫌，亦足见其早慧。
待到隆庆丁卯年(1567年)焦站28岁时，他的佛学思想有了较大发展，他认为“有相之身即实相身，而离文字见是名断见。”这尊石佛实实在在的被雕刻成了佛菩萨的形态，就不能强行视之为瓦砾土石。而自己当初拒绝写作的理由更是是落了文字断见，嘴上说着佛与沙石不二，心里其实仍有分别之心，因为越是拒绝写这尊石佛，越是在心里承认它的特殊性。焦站于是欣然命笔，完成了这篇拖稿13年的文章，自身佛学境界的突破也就被记录在《古佛记》一文中。
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石佛发掘之地位于凤凰台左，魏国公遂联同觉恒和尚因地起庵名为积庆庵，亦名集庆庵。焦站后来实地考察，发现此处并非瓦官寺旧址，凤凰台右的丛桂庵才是:
晋哀帝兴宁二年，诏移陶官于淮水北，遂以南岸地施僧慧力造寺，因以瓦官名之。今验骑卫仓是其遗址。南唐为升元寺。登阁江山满目，最为佳丽处。太白诗“白浪高于瓦官阁”正与今仓基所见同。近诏毁私创庵院，集庆庵一}v僧辄妄以瓦官名其处，因得免。然于古迹无干涉也。
此条文献出自《焦氏笔乘·续集》，《焦氏笔乘》正集刊刻于1580年，续集刊刻于1606年。万历十三年(1585年)，神宗皇帝“诏毁天下私创庵院”，[5]文中的“近”字说明焦站实地勘察古瓦官寺遗址应该就在1585年后不久，故此文应该作于焦站46岁左右时。与年轻时相比，焦站亲近寺院不再是为了寻找一个较为安谧理想的读书场所，而是有了一定的宗教需求，但更多的是表现出游玩、考证等相关兴趣爱好方面的特点。
焦站当时对于“伪寺”积庆庵能得以保留很是不屑，更以“黯僧”称呼其人，可见当时的焦站并不是个十足的、虔诚的佛教徒，否则他会站在佛教发展的大立场上感到庆幸，而不是嘲讽。那一段时期耿李之争刚爆发不久，焦站数次与耿定向讨论儒佛异同，强调冷静理智地接受佛学，取其精华去其糟粕。可见此时的焦站还是以儒学为主，佛学作为心性开悟的辅助思想，仅起到一个工具作用，还没有完全上升到宗教信仰的高度。
《康熙江宁府志》收录焦站所作之《重修凤游寺碑记》，fll亦不见于《澹园集》《澹园续集》。这篇佚文偶被用于杏花村和瓦官寺等地点的考证，其中体现出的佛学思想则鲜有提及。上文提到的丛桂庵就是本文中的凤游寺，是真正的古瓦官寺遗址所在地。焦站写作此文时己经是一位年近七旬的老人，他的心态较之少年、青年和中年时期又发生了很大变化。
从文章中“丁未(万历三十五年，即1607年)后，丛桂庵增建，与积庆庵对峙，祠部谓皆瓦官旧地……余比者偶与祠部朱君言及两寺一名，易若以凤游名之，正可与古瓦官并，遂拟以新额易之”f2l几句可以看出，焦站己经有左右当地寺院命名的能力了。可此时的焦站并没有恢复丛桂庵古名，而是取了一个新名字一一凤游寺，同时把“瓦官寺”之名让给了积庆庵。对于瓦官寺遗址真伪的争议，焦站没有了曾经的愤愤不平，仅仅用“前是，魏公于台之左里许建积庆庵，掘地得升元石像，云此即瓦官寺址，因改庵名古瓦官寺”数语平淡带过。
石佛到底是实相还是非实相，瓦官寺到底是积庆庵还是丛桂庵，己经都不重要了。石佛的出现是一种因缘，否则积庆庵便不复存在，人间就少了一处弘扬佛法的道场:“从幽径古丘之旧，开啸歌眺听之场”，再“从颓垣野草之墟，结礼佛参禅之所……爱大兴梵刹，而向之废者，转成壮丽，金碧璨焕，格然改观矣。”无论瓦官寺是真还是伪，佛法却不会因此有真伪之分。何必生起分别心而执着名相呢?
焦站用近三百余字的篇幅，非常仔细地把凤游寺建筑布局一一描述，把扩建寺院者的名字庄重地写进文章，并感叹称:“凡营建积数十年……梵刹之庄严，直与山川增丽，而胜迹依然”，fll用一种赞赏和欣慰的语气试图让更多的人更久地记住这一佛门盛事，尽最大可能让这些人和寺院一样不朽，足以说明此时的焦站己全然倾心佛教了。
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