1842年4月，马克思移居科伦，开始投身于《莱茵报》的编辑工作。《莱茵报))是由莱茵地区的一批富有的中产阶级团体所投资创办的，创办宗旨十分明确:维护该地区大量中产阶级的利益，最终使整个德国的政治和经济实现统一。在这一宗旨的驱使下，反对普鲁士的宗教政策和半封建的专制主义便成了《莱茵报》的主旋律。当时，“不能容许在报纸上传播或攻击哲学和宗教观点”的《科伦日报》对《莱茵报》展开了一场激烈的攻击，《科伦日报》的编辑海尔梅斯倡导加强关于宗教问题的言论及文章的书报检查。海尔梅斯表面说应当为科学研究的进行开辟广阔的空间，实质上却把证实基督教真理规定为科学研究的目的所在。根据海尔梅斯的言论，生活幸福的“少数人”宗教信仰越坚定，越不容易受报纸文章的影响，而普通的“广大群众”由于物质上的缺乏更容易对宗教产生怀疑。马克思义正言辞地捍卫了“自己时代的精神上的精华”的哲学的地位，他认为研究宗教问题的哲学通过对宗教及其问题进行研究，借助于理性判断，得出结论，愿意不断接受实践检验并在检验得以修正以期达到真理。由此看来，禁止讨论哲学问题是极其无理的要求。针对《科伦日报》的攻击，马克思撰写了《第179号“科伦日报”社论》一文进行反驳。马克思通过列举实证提出了古代国家的消亡决定着古代宗教的消失，表明了宗教并非是国家的基础，而且在现实生活中，国家和法往往是高于宗教的。另外，马克思指出海尔梅斯的言论恰恰证明了物质比宗教信仰更为可靠，物质的缺乏会使人们对宗教信仰产生质疑，这种观点明显透漏出了马克思的唯物主义倾向。1843年初《莱茵报》被查封，期间马克思着重关注了政治和民生领域，以宗教批判为切入点投身到对政治的批判当中，强调物质基础对于宗教的决定作用，唯物主义无神论初步形成。

      《莱茵报》被查封后，青年黑格尔学派走向了分裂，马克思选择了激进的民主主义，与卢格共同创办了《德法年鉴》，马克思的宗教批判思想在《德法年鉴》创办期间进行了集中阐述。在《论犹太人问题》中，马克思阐述了宗教解放与政治解放、人类解放的关系，揭示出了宗教消亡的条件在于私有制和剥削制度的消失。当时，犹太人只占了德国总人数中的很小一部分，但是他们通过从事商业活动积累了大量的财富，在经济上非常富有，代表着新兴资产阶级的利益。随着资本的进一步积累，他们要求在政治上获得更多的权利，而普鲁士以基督教为国教，排斥其他的宗教信仰，对信奉犹太教的犹太人加以种种限制，犹太人在政治生活中受到了种种不公正待遇，无法享有与基督教徒同等的权利。于是，犹太人开始进行反抗，新兴资产阶级与封建主阶级的矛盾愈发激烈。布鲁诺·鲍威尔对政府限制犹太人权利的行为表示赞同，主张剥夺犹太人的人权，他认为犹太人不与他人结合的本质使犹太人无法获得人权。鲍威尔提出犹太人要想获得解放必须放弃犹太教徒的身份，才能让基督教徒放弃对犹太人的偏见，从而使犹太人获得平等的政治权利，即犹太人只有从宗教中解放出来才能在政治中得到解放。

    针对鲍威尔的观点，马克思首先指出宗教信仰是得到普遍承认的人权，信仰犹太教是犹太人合法合理的人权。宗教信仰是民主制国家公民的合法权利，每个公民都有选择自己宗教信仰的自由，民主制国家是不需要利用宗教从政治上充实自己的。而基督教国家实质上只是把基督教当作一种统治工具，这种国家并不能称之为真正的民主制国家。其次，马克思指出政治解放并不能从根本上实现宗教解放，只有通过人类解放才能真正使人们摆脱宗教的束缚。在政治上取消政教合一的做法在一定程度上会对社会发展起到推动作用，但并不能使人民真正摆脱宗教的束缚，财产的不平等和私有制仍然存在，只要宗教存在的物质根源没有消失，人们还是会选择信奉宗教，宗教并不会就此消失。宗教的彻底消亡只能通过消除宗教存在的世俗根源才能实现。犹太教只是对犹太人崇拜金钱的反映，而不是原因，因此，取缔私有制才能消灭犹太教，取得犹太人本质的回归。可以看出，在《论犹太人问题》中，马克思己经确立了唯物主义无神论的立场，对宗教消亡的条件己经有了深刻的认识，并提出了人类解放的思想。但并未提出实现人类解放的方式和依靠力量。