布尔加科夫与东正教的第二次相遇来的格外突然，就像青春叛逆期义无反顾的投入马克思主义政治经济学和无神论的怀抱一样，这一次在索洛维约夫、康德等唯心主义思想的影响下，在与舍斯托夫和别尔嘉耶夫的现实实践中，布尔加科夫迅速由现实社会中的政治经济问题转入宗教哲学领域。1903年出版的文集《从马克思主义到唯心主义》成为反映他这一阶段思想转变的重要体现，并于此后接受教会神职，走上了与他父辈一样的道路。并在日后的流亡岁月中，始终担任巴黎东正教神学院的主任直至去世。

    不过，尽管布尔加科夫己经成为一名真正的神学家，并将东正教神学思想作为自己研究的重心，但他并未因此减少对现实世界的关注。相反，青年时期对社会经济与市场的研究依然占据着重要的地位，只是他由马克思主义、无神论的视角切换到了东正教神学。“布尔加科夫的独创之处就在于，能够将经济学及人们的经济活动与他所信仰的宗教唯心主义结合起来”。相比于第一次相遇时的被动与叛逆，成年之后的布尔加科夫以更加冷静和客观的心态平静地审视宗教传统与现实社会。一方面，童年时期与东正教的初次相遇，成为布尔加科夫思想领域中的一道预设通路，他所接受的一切知识系统都是通过这个渠道转化为自己的思想的。另一方面，青年时期的无神论思想和马克思主义政治经济学使布尔加科夫更多地将视线投射到实际的社会生产和生活中，他希望通过自己的理论研究来解决迫切的实际问题。正是在这样的精神发展历程中，形成了布尔加科夫既信仰宗教神学，又重视现实世界的宗教哲学理论，这里不仅包括市场和经济，还涵盖了文化与艺术。他在寻找解决现实社会矛盾的钥匙，并最终选择了东正教，认为宗教信仰才是解决一切现实问题和哲学困境的根本出路。由此，布尔加科夫在吸收马克思主义思想的同时，更多的则是从宗教神学的角度来重新阐释具体的社会问题，他把人在生产过程中出现的“异化”归结为宗教中的原罪，而劳动成为“赎罪”的手段，他认为人从上帝的宠儿逐渐变为劳动的奴隶，沦为异化的结局，都是因为经济的魔法作用，“经济的劳动乃是一种‘灰色魔法’，其中密不可分地混合着神术与妖术的因素、光明与黑暗的力量以及存在与非在，而这种混合隐藏着持续而痛苦的矛盾的根源，并将这种混合的本质推向悖论的顶端”。在布尔加科夫看来，劳动具有神性和魔性的双重作用，它解放了人类也束缚了人类，异化就是劳动魔性作用下的奴役人类自己的产物。而区分神性和魔性最根本的标准就是人类对智慧性的追求。神性的劳动以追求智慧，探索人类智慧性的根源为最终目标，但魔性的劳动却为现实中的功利思想所诱惑，从而被尘世利益所蒙蔽，失去了对智慧的渴望，转而变成了反智慧的劳动。这两种“魔法”也同样作用于文学和艺术领域，而且布尔加科夫认为在艺术领域中对智慧的追求更加重要，因为只有突破现实规律束缚，进入到内心本我的深层领域，才能诞生优秀的艺术作品，这就是布尔加科夫的宗教一美学批评标准。由此看来，不论是对现实的经济生活还是抽象的文学艺术，支撑布尔加科夫所有理论的根基就是他对待“智慧”的态度与学说，即索菲亚学说，这是布尔加科夫聚合性思想在宗教神学层面的具体体现。