历史常充满变数。明太祖设想的嫡长子继承，必须在元后有皇子的情况下才能实现。而事实是，明代中后期，元后多无皇子，皇帝多庶出，“嫡长子继承”演变为“庶长子继承”。庶出的皇帝在太庙和奉先殿祭祀的是元后嫡母，自己的生母却不得享祀，阁极孝思与祖制礼法的矛盾就成为需要以某种方式解决的问题。经权之际，对这一问题妥善解决的就是明孝宗。孝宗生于成化六年七月，其母纪氏本内廷女史，宪宗偶幸而孕。“时万贵妃专宠而妒，后宫有娠者皆治使堕。”纪氏称病隐忍，偷偷生下孝宗，六年之后宪宗始知。成化十一年(1475年)十一月，立为皇太子，而纪氏不幸于这一年六月暴亮。孝宗登基，尊纪氏为孝穆皇太后。幼年的惨痛遭遇，使孝宗对生母纪氏倍加追念，“每念及此，戚然如割”。为了用恰当的方式奉祀孝穆皇太后，孝宗让礼官考论礼制。

    别庙奉慈之制，此盖古今之通义也。故臣等议谓，孝穆慈慧皇太后衬葬毕日，神主亦宜特建别庙奉享，庶合古制。

    于是，在奉先殿之西建奉慈殿别祀孝穆皇太后纪氏，一岁五享，四序荐新、忌祭俱如奉先殿之仪。弘治十七年(1504年)，孝宗祖母周氏去世。按照宪宗朝议定的礼制，周氏要与元后钱氏同衬英宗。孝宗以祖制当遵，坚持“一帝一后”:“事须师古，太皇太后鞠育联躬，联岂敢忘?顾私情耳。祖宗以来，一帝一后。今并衬，坏礼自联始。”孝宗与大学士刘健等商定，将太皇太后周氏神主享祀奉慈殿。并亲定位次:太皇太后中一室，孝穆太后左一室，留右一室以待后来有如此者。世宗以藩王继统，尊兴献王生母邵氏为太皇太后，遂居此右一室。

    嘉靖十五年，正忙于改革国家礼制的世宗罢祀奉慈殿。在礼义上，奉慈殿属于皇帝的私亲庙，不同于奉先殿，更不同于太庙。此前，世宗为了奉祀其父兴献王，在内廷建立了世庙和崇先殿，二者是对应太庙与奉先殿。夏言曾说:“世庙配太庙而作，崇先殿配奉先殿而作。”也就是说，世庙和崇先殿不能看作世宗的私亲庙，而是具有国家宗庙的地位。实际上，同处于一体的奉慈殿的存在提示了世庙和崇先殿就是世宗的私亲庙，职是之故，世宗决定罢祀奉慈殿，迁主陵殿奉祀。世宗虽然罢祀奉慈殿，但他没有改变太庙和奉先殿“一帝一后”奉祀的祖制。因此，一旦庶长子继承皇位，还需要像孝宗当年那样别庙奉祀生母。世宗之子穆宗即是如此。穆宗生母杜氏乃世宗妃，嘉靖三十三年去世。穆宗即位，尊为孝格杜太后，整修神霄殿(即崇先殿)，专祀杜氏神主。同时，奉安孝烈皇太后方氏神主于弘孝殿。万历三年，罢祀二殿，迁主奉先殿并衬，一度打破奉先殿与太庙对应的“一帝一后”原则。万历后期，仍遵循祖制，神宗生母李太后死后别祀崇先殿，即是明证。祟祯十五年，思宗也仿效奉慈殿别庙祭祀生母刘氏。